Akwarium Gdyńskie działa w Gdyni od 1971 roku. Przez ponad 30 lat nosiło nazwę Muzeum Oceanograficzne i Akwarium Morskie Morskiego Instytutu Rybackiego w Gdyni. Ponieważ nazwa była zbyt długa i powoli stawała się nieadekwatna do funkcji jaką to miejsce pełniło, decyzją dyrekcji MIR w lipcu 2003 roku została zmieniona na Akwarium Gdyńskie. Warto jednak pamiętać o dziejach placówki, która nieodłącznie związana jest z historią Morskiego Instytutu Rybackiego – Państwowego Instytutu Badawczego, która sięga do 18 czerwca 1921 roku.

W 1932 roku Morskie Laboratorium Rybackie zostało przemianowane na Stację Morską, która na przełomie lat 1938/1939 została przeniesiona do Gdyni, do nowo wybudowanego gmachu przy dzisiejszej alei Jana Pawła II 1. Niestety, na skutek wybuchu II wojny światowej, nie zakończono budowy części budynku przeznaczonej na Muzeum i Akwarium. W okresie powojennym w budynku Instytutu istniały trzy niewielkie sale muzealne i jeden pokój z akwariami. Kolejna zmiana przyszła w 1949 roku, kiedy to Stację Morską przemianowano na Morski Instytut Rybacki.

Do sprawy rozbudowy budynku i stworzenia właściwego muzeum oceanograficznego powrócono pod koniec lat 50. Wtedy to powstały pierwsze projekty techniczne. Ale do właściwych prac budowlanych i montażu ciągów akwaryjnych przystąpiono dopiero w 1969 roku. Dużą rolę odegrał w tym inżynier Jan Banaszak, będący ówczesnym kierownikiem Działu Inwestycji.

W 1971 roku w ramach obchodów 50-lecia Instytutu nastąpiło otwarcie Muzeum Oceanograficznego i Akwarium Morskiego. Uruchomienie muzeum było możliwe dzięki wielkiej pracy kierowników placówki: Stanisława Kujawy oraz jego następcy – doktora Kazimierza Siudzińskiego. W 34 akwariach pokazano zwierzęta i rośliny, zarówno morskie jak i słodkowodne. W części muzealnej wystawiono okazy zbierane przez pracowników Instytutu od 1921 roku oraz podarowane przez kapitanów i marynarzy polskiej floty handlowej i rybackiej. Część ekspozycji ściennych z tamtego okresu można oglądać do dziś, gdyż nie straciły na aktualności. Mapa dna Bałtyku, stanowiąca centralną część w Sali Bałtyckiej, również pamięta początki „Muzeum”.

Kolejne zmiany przyszły w 2003 roku, kiedy to odnowiono przeszkloną rotundę budynku, dzięki czemu na pierwszym piętrze powstała bogata ekspozycja zwierząt żyjących wśród raf koralowych. Również w tym roku zmieniono nazwę placówki na Akwarium Gdyńskie. Dwa lata później do Akwarium przybyły wielkie węże – anakondy zielone. Powstała również nowa sala z akwaterrariami. Można w niej oglądać zwierzęta żyjące na styku lądu i wody, np. niezwykłe ryby – poskoczki mułowe. Wraz z unowocześnieniem ekspozycji rozwinięta została działalność edukacyjna Akwarium. Powstała Sala Kinowo – Konferencyjna, laboratoria do prowadzenia zajęć wyposażone w mikroskopy i sprzęt komputerowy. W 2007 roku oddano do użytku Salę Mokrą – miejsce poznawania świata nie tylko zmysłem wzroku, gdzie można włożyć ręce do zbiornika i pogłaskać rybę. Centrum Edukacji wzbogaciła się też o Salę Przedszkolną pełną morskich pluszaków, w której odbywają się zajęcia dedykowane dla najmłodszych. Akwarium Gdyńskie wciąż jest modernizowane, wzbogacane o nowe okazy, realizuje wydarzenia popularno-naukowe i na pewno jeszcze nie raz mile zaskoczy.